2. szezon: Digimon Zero Two

Az új kiválasztottak Davis, Yolei, Cody, és a Digimon Adventure-ből ismert T.K. és Kari. Újra megnyílik a Digitális világ kapuja. A Digivégzetesek megismerkednek a digimonjaikkal és megtudják, hogy azért hívatta őket a Digitális Világ, mert a Digimon Emperor átvette a hatalmat, és a Fekete őrtornyaival, hatalmába keríti a digimonokat.

Később kiderül, hogy a gonosz Digimon Emperor a valódi világban élő zseni gyerek, Ken Ichijouji. A Digitális Világban megalkotja a számára tökéletes digimont, Kimeramont, aki elszabadul és irányíthatatlanná válik. Ken és a Digivégzetesek is tehetetlenek vele szemben, de Davis a legkitartóbb és rátalál a Csoda Armor tojására, amitől Veemon Magnamonná alakul. Viszont Kimeramon ellen még Magnamon ereje is kevésnak bizonyul, és ekkor Wormmon, Ken igazi társa átadja erejét Magnamonnak akinek így sikerüt legyőznie a kegyetlen, vad digmont. Ken Wormmon eltávozásakor szembesült ezzel úgy igazán, hogy a digimonok nem játékszerek, nem csak egy program vagy adathalmaz, hanem élő és érző lények. Ekkor az Emperor visszaalakul egy egyszerű gyerekké, amilyen volt. De nem képes feldolgozni, hogy Wormmon elhagyta. Később Ken visszanyeri jóságát, ő is Digivégzetes lesz és Wormmon újjászületik egy Digitojásban.

A Digivégzetesek az Emperor idejéről maradt Fekete őrtornyokat pusztítják, hogy ne legyen belőlök több baj, amikor az őrtornyok életre kelnek és vadul romboló digimonokká változnak. Erről két gonosz digimon tehet; Arukenimon és Mummymon. A digimonok páronként egyesülve pusztítják az "őrtorony digimonokat".  Később Arukenimon 100 Fekete őrtornyot egyesítve létrehozza BlackWarGreymont, de ő nem engedelmeskedik, mert az igazi ellenfelét keresi, aki méltó hozzá. Elkezdi pusztítani a Szent Köveket, hogy megidézze az egyik digimon Istent, Azulongmont. Mielőtt az utolsó kő is megsemmisülne, megjelenik Azulongmon.

A valós világba sok gyerek tűnik el, aminek az az oka, hogy Oikawa Sötét Spórát ültetett beléjük, mint annak idején Kenbe. A fertőzött gyerekekkel közös erővel akar eljutni a Digitális Világba, de ekkor BlackWarGreymon feláldozza magát és a testével lezárja a kaput, és úgy érzi ez volt az élete célja, amit úgy keresett. Oikawa ekkor csak az Álmok Birodalmába jut el, ahol lelke kiszáll és testet ölt mint MaloMyotismon. Megöli Arukenimont és Mummymont is, valamint minden Digivégzetes éppeni félelmét, gondolatát valóra váltja. Ekkor minden digimon minden szintje külön jelenik meg és körbeveszik MaloMyotismont aki elkezdi sötétséggel körbevonni a valós és a Digitális Világot is. A Sötét Spórával fertőzött gyerekekből kiszáll a spóra és ez megsemmisíti MaloMyotismon testét. A lelke nem nyugszik és azt mondja nem végeztek vele és visszatér. A világ összes gyereke kezében felcsillannak a Digivice-ok és erőt adnak Imperialdramonnak akinek így sikerüt végleg elpusztítania MaloMyotismon lelkét.

Oikawa a maradék erejét arra használja, hogy helyreállítsa a Digitális Világot. Élete utolsó pillanatában megkapja élete egyetlen és legnagyobb vágyát, a digimon társát, így békében tud örök nyugalomra térni.